If you are willing to use solution without luainputenc that will work in all three compilers (somewhat cumbersome font setting for (xe|lua)latex though):
% !TeX encoding = utf8
% !TeX spellcheck = uk_UA
% !BIB program = bibtex8
%%% Defining function to check compiler %%%
\RequirePackage{iftex}
\newif\ifxetexorluatex % new if operator (http://tex.stackexchange.com/a/47579)
\ifXeTeX
\xetexorluatextrue
\else
\ifLuaTeX
\xetexorluatextrue
\else
\xetexorluatexfalse
\fi
\fi
%%% Main class setting %%%
\documentclass{article} % If papersize not set explicitly, each compiler can use whatever default has.
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Big block of settings for three compilers %%
\ifxetexorluatex
%%% Language setting for (xe|lua)latex %%%
\usepackage{polyglossia} % Loads fontspec also.
\setmainlanguage{ukrainian}
\setotherlanguage[babelshorthands=true]{russian}
\setotherlanguage{english}
%%% Font setting for (xe|lua)latex %%%
\defaultfontfeatures{Ligatures=TeX}
\setmainfont{CMU Serif}
\setsansfont{CMU Sans Serif}
\setmonofont{CMU Typewriter Text}
% \newfontfamily\cyrillicfont{CMU Serif} % Uncomment if asked to define cyrillic fonts.
% \newfontfamily\cyrillicfontsf{CMU Sans Serif} % Uncomment if asked to define cyrillic fonts.
% \newfontfamily\cyrillicfonttt{CMU Typewriter Text} % Uncomment if asked to define cyrillic fonts.
\else
\RequirePDFTeX % Tests for PDFTEX use and throws an error if a different engine is being used.
%%% For proper copypasting of text from pdf %%%
\usepackage{cmap} % Better search and copypasting of cyrillic text from pdf-file. Can cause errors if used together with pdfx package.
\defaulthyphenchar=127 % Better hyphenation for copypasting. Must be set just before fontenc.
%%% Language setting for pdflatex %%%
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[english,russian, ukrainian]{babel}
\fi
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
Матеріали конференції присвячені сучасним проблемам фізики та фізичних технологій,
перспективним напрямкам фізики енергетичних систем,
теорії безпеки, криптографічного захисту інформації та криптоаналізу, захисту
інформації в комп’ютерних мережах та комунікаціях, забезпеченню цілісності баз даних,
захисту від витоку інформації по каналах побічного електромагнітного випромінювання,
локальним мережам різної струк\-тури, технічного захисту об’єктів, а також науковим
дослідженням фундаментального та прикладного характеру у сфері інформаційних наук.
\end{document}
luainputenc
butfontenc
. I presume with the newbabel
you can create a locallanguage.dat
loading the T2A patterns, but like David I'm not sure of the details. I'll investigate.